App EngineはこれまでPythonしか利用できなかったが、Javaのサポートによってエンタープライズ分野で実績のあるアプリケーションが同サービス上で稼働させられるようになる。Java対応にあたっては、Javaランタイム、「Google Web Toolkit 1.6」への統合、「Google Plugin for Eclipse」などを用意した。標準のJavaAPIやライブラリを利用しており、IBM WebSphere、Tomcatなどの標準的なJ2EEサーブレットコンテナを実装できる。
また新版では、特定の作業を定期的に実行するようスケジュール化する「Cron」のサポート、大容量データのやりとり、ファイアウォール内のデータを安全に利用できる「Secure Data Connector」などの機能が新たに加わった。大容量データのやりとりは、GB級のデータをバッチトランスファーできる機能で、同日インポート機能の提供を開始、エキスポート機能は1カ月以内に提供する。