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富士通、並列計算に特化したシミュレーションサーバーの実証実験を開始 |
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～次世代のゲノム創薬研究のためのバイオIT強化に向けて～
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今回の実験の背景としては、バイオIT市場が持つ「超大容量、超高速処理」が必須という特性が上げられる。2003年の4月にヒトゲノムの解読が完了し、ゲノム情報を生かした創薬研究に加え、個人差を考慮したテーラーメイド医療の実現に向けた研究が行われるようになってきた。 現在では主に実験による解析が進められているが、高価な試薬や装置が必要なため、コンピュータシミュレーションなどによって実験範囲を事前に絞り込むことが不可欠となってきている。しかし、タンパク質は数万から数百万個の原子から構成されており、構造や結合の状況を計算するためには、「数TB級の膨大なデータと、数時間～数百年を要する複雑な計算が必要」（同社 先端科学ソリューション本部プロジェクト統括部長、小倉誠氏）。 BioServerはこうした課題を解決する手段として、タンパク質MD（分子動力学計算）シミュレーション用途に開発されたLinuxベースのシミュレーション用サーバー。1ラック（42U）のサイズで最大1,920CPUを搭載可能。CPUには「スーパーコンピュータで培った技術を投入した」（小倉氏）という同社のFR-V超小型プロセッサモジュールを採用し、1ラックあたりの消費電力、スペースは、同社製スーパーコンピュータのそれぞれ1/30、1/25で済む。 また、「通常では、CPUを100個集めたからといって100倍の計算結果を得られない。70～80％程度になってしまう」状況を超並列計算技術によって改善し、「100CPUなら1台のときの100倍」の台数比例効果を得ることができたとしている。費用に関しても「現段階では公表できないが、コンパクトな形になっているので、同CPU数のブレードサーバーなどに比べて安い価格になっている」とのこと。 ソフトウェアでは、計算エンジンにオープンソースのGROMACSを採用。同サーバーでは計算のみを行うため、計算されたシミュレーション結果は、超並列制御コントローラとなる同社製のSPARCサーバー「PRIMEPOWER」で分析される。今回の超並列ソリューションを使用することで、従来のシミュレーション手法では63年あまりかかっていた計算期間を、12日間に短縮することが可能という。なお、これらの設備は富士通のIDCで管理され、ゾイジーンはアウトソーシングという形で設備を利用する。 ■ ＵＲＬ 富士通株式会社 http://jp.fujitsu.com/ 株式会社富士通研究所 http://www.labs.fujitsu.com/ ゾイジーン株式会社 http://www.zoegene.co.jp/ プレスリリース（富士通） http://pr.fujitsu.com/jp/news/2003/11/5.html
（ 石井 一志 ）
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